Beboere i Sydsudan har mulighed for at forfølge de videregående uddannelser i enten et universitet eller en erhvervsskole. Selv om der er mangel på begge institutioner, flere programmer er på plads til at udvide den nuværende landskab af videregående uddannelser i Sydsudan.

En Master of Business Administration (MBA) er en professionel grad givet til dem, der studerer business management på en business school. Forskellige former for analyse og strategi er dækket, herunder drift, markedsføring, finansiering og regnskab.